Câu chuyện xoay quanh Judai Yuki (Jaden Yuki) – một cậu bé yêu thích Duel Monsters – người trúng tuyển vào Học viện Duel Academy, nơi đào tạo các tay bài trẻ tuổi thành những duelist chuyên nghiệp. Tại đây, Judai kết bạn với những học viên khác như Syrus Truesdale, Chazz Princeton, Alexis Rhodes, và bắt đầu cuộc hành trình học tập, đối đầu với nhiều đối thủ và thế lực siêu nhiên đe dọa thế giới Duel.